Pour être commercialisé comme issu de l'agriculture biologique, tout produit doit avoir été contrôlé et certifié par un organisme de contrôle agréé par les pouvoirs publics.
Le ou les contrôle(s) annuel(s) (qui peuvent aller jusqu'à 4 ou 5 pour certains préparateurs) portent sur l'ensemble du système de production : parcelles agricoles, lieux de stockage, transformation, comptabilité matière, conformité des recettes et produits correspondants, garanties données par les fournisseurs, étiquettes...
Des prélèvements pour analyse peuvent être effectués afin de vérifier la non utilisation de produits interdits (pesticides, OGM...).
Un certificat est délivré par l'organisme certificateur pour les produits jugés conformes à la réglementation en vigueur au vu des résultats des contrôles.
Il existe deux logos : le logo AB (Agriculture Biologique) et le logo Européen. Agrées par les pouvoirs publics, ils signifient que le produit a obéi à un cahier des charges strict, de sa production à sa distribution, en passant par sa transformation. Ils excluent notamment l'utilisation d'additifs, de conservateurs et de colorants chimiques de synthèse.